С целью реализации Политики в ПАО «НМТП» внедрена Система экологического менеджмента, соответствующая ГОСТ Р ИСО 14001.
В 2023 году Общество прошло сертификационный аудит, подтвердив соответствие своей деятельности международной системе экологического менеджмента. Оценке подлежали стивидорные услуги ПАО «НМТП», включая перевалку нефти и нефтепродуктов, наливных, навалочных, генеральных грузов и контейнеров.
ПАО «НМТП» осуществляет постоянный экологический контроль воздушной среды на промышленных площадках предприятия и на границе санитарно-защитной зоны собственной аккредитованной эколого-аналитической лабораторией. В целях круглосуточного контроля выбросов введена в эксплуатацию система автоматического мониторинга состояния атмосферного воздуха в зоне погрузочно-разгрузочных работ.
ПАО «НМТП» ведет постоянный экологический контроль сточных вод, мониторинг состава и состояния акватории Черного моря, а также оценку химического состава донных отложений в границах своей производственной деятельности.
ПАО «НМТП» имеет лицензию на осуществление деятельности по сбору, транспортированию и обезвреживанию отходов I-IV класса опасности. Также, вывоз отходов производства и потребления осуществляется подрядными организациями, имеющими лицензию на деятельность по обращению с отходами.
ПАО «НМТП» регулярно осуществляет мероприятия по искусственному воспроизводству водных биологических ресурсов, так реализовано в 2023 году компенсационное мероприятие, направленное на восстановление биологических ресурсов в реках бассейна Черного моря, осуществлен выпуск молоди лосося черноморского, общим количеством 193 983 экземпляра в р. Мзымта бассейн Черного моря (Краснодарский край). Лосось черноморский занесен в Красную книгу РФ в связи с угрозой исчезновения.